In der dritten Staffel treffen geheime Netzwerke, ausländische Agenten und persönliche Verrätereien aufeinander. Joe (Zoe Saldaña) steht zunehmend zwischen ihren beruflichen Verpflichtungen und ihrem Privatleben, während Kräfte im Hintergrund beginnen, ihr Umfeld zu beeinflussen. Muster tauchen dort auf, wo sie nicht sein sollten, Namen verschwinden und vertraute Wege verändern sich. Unter der Führung von Kaitlyn (Nicole Kidman) und Westfield (Michael Kelly) sieht sich Joe mit Gegnern konfrontiert, die im Verborgenen agieren. Dabei wird sie gezwungen, sich einem Konflikt zu stellen, der inzwischen jeden Bereich ihres Lebens erreicht hat.